集団遺伝学論文から見た韓国人

韓国人を対象とする集団遺伝学論文（全ゲノムシーケンス論文又は全エクソンシーケンス論文）から見た場合、韓国人ＤＮＡは、地理的に近い北方系中国人・日本人とは明確に異なり、非常に特異かつ奇妙です。

なお、全ゲノムシーケンスとはヒトのＤＮＡ全てを分析することであり、全エクソンシーケンスとはヒトのＤＮＡ中の遺伝子領域のみを分析することであるとお考え下さい。

韓国人のＤＮＡ及び遺伝子は、全ゲノムシーケンス論文又は全エクソンシーケンス論文に基づく分析が正しいのであれば、次の4つの特質を有しています

①北方系中国人・日本人を含む他の民族集団に比べ、低頻度の場合のみ、非同義変異の比率が高い
②韓国人に固有の変異は、極度に一部の者に偏在している
③韓国人に固有の変異の圧倒的大部分が、精神疾患・パーソナリティー障害を含むヒトのメンタリティーに関連している
④集団内における低頻度の遺伝子の分布が、他の民族集団に比べて著しく異なる

①他の民族集団に比べ、非同義変異の比率が高い

韓国人のＤＮＡ及び遺伝子領域に見られる変異中の非同義変異の比率が高いことを初めて明らかにしたのは、下記論文です

論文①
Extensive genomic and transcriptional diversity identified through massively parallel DNA and RNA sequencing of eighteen Korean individuals
＊執筆者は韓国人
＊2011年nature geneticsに掲載。
＊全ゲノムシーケンス対象は10人のみで、8人は全エクソンシーケンス。

原文引用
A subset of the nsSNPs showed remarkably high allele frequencies among the Koreans studied compared to other populations, including Europeans and west Africans represented in the HapMap project.

英文趣旨
韓国人の非同義一塩基多型は、HapMap（と名付けられたヒトのＤＮＡに関する国際的プロジェクトの分析対象であったCHB南方系中国人・CHS北方系中国人・JPT日本人）ヨーロッパ人、西アフリカ人をはじめとする他の民族集団に比べ、著しく高いアレル頻度（対立遺伝子頻度）を示した。

論文②
Whole genome sequencing of 35 individuals provides insights into the genetic architecture of Korean population
Wenqian Zhang et al.
Published: 21 October 2014
＊執筆者はアメリカ人であるが、論文発表時に執筆者10名中9名はアメリカ食品医薬品局（ＦＤＡ）職員、残1名はアーカンソー大学大学院生であったが、その後ＦＤＡに就職したことを確認済み。
＊サンプル数は35名

原文引用
In contrast with the SNVs common to other populations in HapMap and 1KGP, the Korean only SNVs had high percentages of non-silent variants, emphasizing the unique roles of these Korean only SNVs in the Korean population. Specifically, we identified 8,361 non-synonymous Korean only SNVs, of which 58 SNVs existed in all 35 Korean individuals.

英文趣旨
（国際的なゲノム解析プロジェクトである）HapMap 及び1000ゲノムプロジェクトにおける他の民族集団においてはありふれた、（その圧倒的大部分は変異である）一塩基バリアンツとは対照的に、韓国人のみが有する一塩基バリアンツは、（非同義と同じ意味で使用されている）非沈黙バリアンツが高い比率であった、そのことは、韓国人集団における韓国人のみが有する一塩基バリアンツの特異な役割をさし示している。特に、著者らは8361の韓国人固有の非同義一塩基バリアンツを特定し、そのうち58はサンプル35名全ての韓国人に存在していた

この論文については、別の記事において、詳細に引用していますので、良ければお読みください。
韓国人の遺伝子の特異性を明確に示す論文(アメリカ食品医薬品局)の内容紹介

しかし、以上二つの論文は、いずれもサンプル数が少ないという欠点を有しています。このため、1000人以上のサンプル数を有する集団遺伝学論文により検証を行いました。

論文③
A database of 5,305 healthy Korean individuals reveals genetic and clinicalimplications for an East Asian population
Jeongeun Lee　et al.
June 21st, 2022（Research Square）
02 November 2022(Nature Genetics)

＊サンプル数は、全ゲノムシーケンス1,896名全エクソンシーケンス3,409名
＊この論文は、当初Research Squareというウェブ上のフリーの論文投稿ウェブサイトで公表され、その後、ネイチャージェネティクスに同じタイトルで本文内容を拡充して掲載された

上記の非同義変異と同義変異の比率を示すグラフについて、参照論文[1]＝全人類との比較、参照論文[2]＝日本人との比較及び下記二つの論文により、韓国人遺伝子（エクソン領域）は、他の民族集団に比べ、非同義変異の比率が、高頻度の場合には全く異ならないものの、 低頻度の場合のみ、かなり高いことを確認しました。

＊韓国人による全エクソンシーケンス論文に掲げられたデータは下記画像のとおり
論文④
Findings of a 1303 Korean whole-exome sequencing study
Soo Heon Kwak et.al
Nature 14 July 2017

スクロールして下さい

＊一方、主に白人をサンプルとす最大規模の全エクソンシーケンス論文によれば、下記画像のとおり

論文⑤
Distribution and clinical impact offunctional variants in 50,726 whole-exomesequences from the DiscovEHR Study
Frederick E. Dewey et al.
Science; accepted 16 November 2016

以上5つの集団遺伝学論文により、韓国人は他の民族集団に比べ、塩基配列の変化→生成されるアミノ酸種類の変化→タンパク質の機能変化　により、端的に言えば、ヒトの精神・肉体に実際に影響を及ぼす非同義変異が、他の民族集団に比べ、 低頻度の場合、高い比率であることは絶対に否定しえない極めて重大な科学的事実です。

韓国人遺伝子（エクソン領域）は、 低頻度のバリアンツ（変異）中の非同義変異の比率が他の民族集団に比べ高い結果として、全体としても非同義変異が多いという科学的事実は、韓国人には他の民族集団に比べ、集団全体としてはるかに高い「負の自然淘汰圧力」がかかっていることを強く示唆します。

何故なら、非同義変異は、最高でも1％しかポジティブに作用せず、逆に言えば、非同義変異の最低でも99％以上は有害な変異であるからです。（参照論文[3]）
そして、低頻度のバリアンツは、ある民族集団の負の自然選択の指標であるからです（参照論文[4]）

Deleterious（有害な）変異が低頻度であることは理論面からも予想されることであり、現実にも完全に証明されています。（参照論文[6]）しかし、韓国人遺伝子の場合、全ゲノムシーケンス論文又は全エクソンシーケンス論文の頻度分類で、通常はcommonとして扱われる頻度5％附近で他の民族集団と完全に異なるようです（④のグラフご参照）このことがいかに重大なことであるのかを是非ご理解下さい。なお、執筆者が韓国人である論文⑥でも、下記引用の通り驚きをもって本文中に記述しています

原文引用（論文⑥） Surprisingly, however, roughly half of the variants in ‘1000GP low frequency’ were classified as ‘frequent in KoVariome’. This indicates that there exist a significant population specific biases for common and uncommon variants.

【英文の趣旨】
しかしながら、驚くべきことには、（国際的なDNA分析プロジェクトである）1000ゲノムプロジェクトで低い頻度に区分されたバリアンツ（変異）のおよそ半分が、 KoVariome（と名付けた韓国のDNA分析プロジェクトでは）高い頻度であった・このことは、ありふれたバリアンツ及びレアなバリアンツ（の分布に関して、韓国人には）重大な集団固有の偏り（＝バイアス）が、存在することを示している

②韓国人に固有の変異は、極度に一部の者に偏在している

論文⑥
Korean National Standard Reference Variome database of whole genomes with comprehensive SNV, indel, CNV, and SV analyses
Jungeun Kim et.al
Nature 04 April 2018
＊論文②と同じサンプル集団を使用し、サンプル数を50名に増加。
＊論文中の下記グラフは、この論文で新たに発見されたバリアンツ＝近似的に韓国人固有のバリアンツの個体毎の数値

論文②
Whole genome sequencing of 35 individuals provides insights into the genetic architecture of Korean population
Wenqian Zhang et al.
Published: 21 October 2014

＊論文中の下記グラフは、この論文で特定した韓国人固有のバリアンツの個体毎の数値

＊上述のように、この二つの論文はサンプル数がそれぞれ、35名、50名と少ないため、韓国人対象の1000名以上の大規模サンプル論文を探してみましたが、同様の結果を示す集団遺伝学論文は存在しません（2022年10月時点）

③韓国人固有の変異のほぼ全てがヒトのメンタリティーに関連している

＊この記事筆者が長時間をかけて調べた結果であり、その全リストは、この英文ページに掲載していますが、論文②で特定された韓国人に固有の遺伝子変異の数1000以上をリストアップしました。

遺伝子名	変異数	関連する精神疾患等
PRIM2	5033	不眠病 paper[86]
CSMD1	1786	統合失調症 paper[9],paper[52]
snoU13	1731	うつ病, 不眠病 paper[43]
PDE4DIP	1374	ヒトの脳,paper[4] うつ病,paper[91]
RBFOX1	1272	知能等々ヒトの精神全て paper[5]
PTPRN2	1224	うつ病 paper[6]
KMT2C	1091	双極性障害 paper[7]
PTPRD	1084	強迫性障害 paper[8]
LINC00842	1008	0

＊第一順位である、PRIM2は不眠症に関連している可能性があります。イギリスＢＢＣ（英語版）は「韓国人が眠るために格闘しなければならない」ことを記事としています。
South Korea: Why so many struggle to sleep 　BBCウェブサイトの記事

＊病理遺伝学の論文は、Ａという論文で「遺伝子名〇〇〇は、ＡＳＤ（自閉症）の疾患感受性遺伝子であろう」とする結果が出た後、別の論文Ｂでは関係が非常に薄いとする結果がでることが頻繁にあります。

＊詳細は、英文ページをご参照ください

④韓国人は低頻度の遺伝子の分布が、他の民族集団に比べて著しく異なる

＊下の図は、論文②付属資料掲載図の低頻度部分を切り抜き、この記事筆者が縦線を加えたものです

＊頻度5％から6％付近で韓国人以外の全人類がほぼ同じ値を示し、韓国人は、低頻度におけるバリアンツ（変異）が極度に（約3倍）多いことが鮮明に示されている図です
＊論文⑥でもほぼ同様の結果が表形式で示されています。しかし、サンプル数は、論文②35名、論文⑥50名に過ぎず、かつ、同じサンプル集団を使用しています
＊このため、1000名以上のサンプル数を有する二つの全ゲノムシーケンス論文で比較した結果、断言はできませんが、概ね同様の結果を得ました。詳細は、同じ筆者の英文ページご参照ください

＊一言で言えば、韓国人は他の民族集団に比べて圧倒的に多くバリアンツ（変異）を共有しているようです。(参照論文[6]) 彼らの「強い同胞意識」の遺伝的要因であろうと記事筆者は推察しています。かつ、その原因の一部は、参照論文[3]によれば、非同義変異の多さにあるようですが、未解明の状態です
＊ただし、カバレッジ（＝分析深度）やフィルタリング手法の異なる全エクソンシーケンス論文の結果をそのまま単純に比較することはできないという点からみて、疑問点もあります。

世界中の文化人類学者及び集団遺伝学者は、全力を挙げて、韓国社会の異様性の解明と韓国人ＤＮＡ及び遺伝子の分析を進めるべきだ。これが私の結論です。何故なら、韓国は下のリンク先（筆者は同じ）の状況にあるからです

韓国の異常性を示すデータ一覧

西欧人が見た朝鮮半島の人々の真の姿

ノーベル賞から見た韓国の異常性

参照論文[1]
A global reference for human genetic variation The 1000 Genomes Project Consortium
Nature Published online 2015 Sep 30

参照論文[3]
Evolution and Functional Impact of Rare Coding Variation from Deep Sequencing of Human Exomes
Jacob A. Tennessen
Science 2012 May 17

原文引用
About 47% of all SNVs (74% of nonsynonymous and 6% of synonymous variants) are predicted to be deleterious by one or more method (Fig. 1A); however, overlap among methods is modest. For example, only 1% of nonsynonymous variants are predicted to be functional by all seven methods, and variants predicted by any single approach are likely to have a high false-positive rate (Fig. 1A).

参照論文[4]
Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals
Masao Nagasaki　et.al
Nature 21 August 2015

原文引用
Because deleterious mutations are removed from populations faster than neutral mutations, SNVs observed at lower frequency in a population are indicative of purifying (negative) selection, and their selection strength differs among the various functional genomic categories.

参照論文[5]
Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans
Monkol Lek et.al
Nature 17 August 2016

原文引用
Deleterious variants are expected to have lower allele frequencies than neutral ones, due to negative selection. This theoretical property has been demonstrated previously in human population sequencing data12,13 and here (Fig. 1d, e).

参照論文[6]
Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population
Koichiro Higasa et.al
Nature 25 February 2016

＊原文引用(赤字としたのは記事筆者)
The allele frequencies for the majority (88.8%) were lower than 0.5% in allele frequency and predicted to be functionally deleterious.

①日本人をサンプルとするこの論文によれば、頻度0.5%以下は、88.8%である。depthは、at least 10xと本文中に記載あり。
②主に白人をサンプルとする本文中の論文⑤によれば、頻度1%以下は、98％にも達する。depthは、平均で80xと本文中に記載あり。
③韓国人をサンプルとする本文中の論文④の表２から頻度0.5%以下は、80.4%に過ぎない。depthは、中央値で103.7Xと本文中に記載あり。

①～③の全エクソンシーケンス論文の数値の大きな差から見て、韓国人が白人・日本人との比較で圧倒的に多くバリアンツ（変異）を共有しているのはほぼ確実。
coverage＝depthの数値が高い程、レアなバリアンツが発見でき、言い換えれば、本文中の論文④のdepth中央値103.7Xが本当であれば、頻度0.5%以下は、もっと高い数値となるはずである。

参照論文[6]から